De kerncomponenten van een versnipperaar voor medisch afval zijn de versnipperkamer en het messensysteem. De versnipperkamer is doorgaans gemaakt van corrosiebestendig roestvrij staal om ervoor te zorgen dat deze zelfs na langdurig contact met medisch afval niet gecorrodeerd blijft, terwijl het gladde oppervlak het reinigen vergemakkelijkt. Het messensysteem bestaat uit messen gemaakt van hoogwaardig, slijtvast gelegeerd staal. Deze messen versnipperen het medisch afval door middel van rotatie op hoge snelheid. Het aantal en de indeling van de messen zijn ontworpen op basis van de verwerkingscapaciteit en het versnippereffect om een uniforme versnippering en een regelbare deeltjesgrootte te garanderen.
Het transmissie- en aandrijfsysteem is cruciaal voor de goede werking van de versnipperaar. Het transmissiesysteem omvat meestal een motor, reductiemiddel en aandrijfas. De motor levert kracht en het reduceerventiel regelt de snelheid, waardoor de messen op optimale snelheid kunnen werken voor efficiënt versnipperen. Belangrijke componenten zoals lagers en koppelingen moeten slijtvast en bestand tegen hoge temperaturen zijn om stabiliteit en een lange levensduur tijdens continu gebruik te garanderen, terwijl trillingen en geluid tot een minimum worden beperkt.
Shredders voor medisch afval zijn ook uitgerust met veiligheids- en hulpsystemen. De invoerinlaat is meestal uitgerust met een beschermkap of een anti-verstoppingsapparaat om te voorkomen dat operators in contact komen met de messen; de afvoeruitlaat is ontworpen met een regelbare opening voor eenvoudige afvalafvoer en daaropvolgende verwerking. Het besturingssysteem bewaakt de motorbelasting, bedrijfsstatus en overbelastingsbeveiliging; sommige units zijn ook uitgerust met een noodstopknop om de operationele veiligheid te garanderen. Het algehele ontwerp van de machinebehuizing combineert stabiliteit met gemakkelijke reiniging en onderhoud, waardoor de apparatuur zowel efficiënt als veilig is.